Le nid est le centre vital de la colonie, fondement des comportements défensifs des ouvrières. Il est constitué de constructions en cire parallèles, dont les deux faces sont couvertes de cellules hexagonales : ce sont les rayons et leurs alvéoles.
Si les alvéoles des abeilles ont cette forme d'hexagone régulier, c'est parce qu'elle permet de diviser l'espace en plusieurs cases de même taille pour chacune de leurs larves, tout en minimisant la quantité de cire à utiliser pour le faire. L'encastrement des alvéoles dans l'espace permet également aux larves d'être plus proche et de se tenir chaud. Cette structure est aussi la plus résistante qui existe et permet de supporter des poids importants de provisions.
Au centre du nid, le couvain abrite œufs, larves et nymphes. En périphérie immédiate sera stockée la nourriture, d'abord le pollen, puis le miel. Les cellules sont inclinées à treize degrés vers le haut pour éviter l'écoulement de leur précieux contenu.
Les abeilles sont des expertes en mathématiques et architecture et ont inspiré de nombreux secteurs industriels.